机构检查和试验项目检查的内容原则上讲没有本质的区别，大部分内容是相似的，但是在侧重点上应有所区别。前者注重的是试验机构软硬件的整体性和普遍性，而后者的重点主要针对某个试验项目或几个试验项目开展过程中对GCP的符合性，更注重特殊性和专一性。当然，如果在试验项目检查过程中发现了整个机构在临床试验中存在的普遍性问题时也应当紧抓不放，一查到底，转为机构检查。而在机构检查过程中如发现尽管该试验机构整体情况良好，但是某一项试验或几项临床试验存在较大问题时，也可以马上检查的重点放在该项或几项试验上。所以说两者又是紧密联系在一起的。